Die Gemeinde liegt im westlichen Bereich des Landkreises und weist Höhenlagen zwischen 468 bis 785 m auf. Der Ort ist nach dem Volksmund aus einer Mönchsniederlassung entstanden, um die sich im Spätmittelalter eine Ansiedlung entwickelte. Auf die "Zelle" oder "Klause" weist auch der Ortsname hin. Die Ansiedlung wurde 1471 zu einem der Domkirche zu Passau gewidmeten Vikariat erhoben und mit Stiftungen versehen. Seit 1600 ist Innernzell eigene Pfarrei, die 1835/36 die Pfarrkirche in der heutigen Form anstelle der baufälligen alten Kirche erhielt. 1946 wurden die selbständigen Gemeinden Gmünd und Hilgenreith der Gemeinde Innernzell zugeteilt und 1978 kam aus der Gemeinde Solla die Ortschaft Bärndorf hinzu. Die Gemeinde ist vorwiegend landwirtschaftlich strukturiert. Daneben ist sie Sitz eines mittelständischen Tiefbauunternehmens und der für die Grundversorgung der Bevölkerung notwendigen Handwerks- und Einzelhandelsbetriebe.